La CNT se distingue des syndicats institutionnels entre autres par son organisation interne. Appliquant l’autogestion et le fédéralisme, l’assemblée générale est le lieu de décision et non pas le bureau. L’autonomie (financière, décisionnelle…) des syndicats est primordiale. Les élu-e-s sont mandaté-e-s et révocables.
Nous refusons les permanents syndicaux. Les personnes qui exercent des fonctions, le font après leurs heures de travail. La rotation et le partage des tâches sont donc des pratiques essentiels à la CNT.